Соединение должно быть полное, а не левое. Остатков может и не быть, а начисления есть.
Если допускается делать запросы к реальным таблицам и детализация выплат по видам расчетов не нужна, тогда можно и на одном регистре сделать, просто соединив остатки с движениями физ. таблицы. Зачем там три запроса с объединениями ?
ВЫБРАТЬ
ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.Сотрудник КАК Сотрудник,
ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток КАК НачальныйОстаток,
ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаРасход КАК Выплачено,
Взаиморасчеты.ВидРасчета КАК ВидРасчета,
Взаиморасчеты.Сумма КАК Начислено,
ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток КАК КонечныйОстаток
ИЗ
РегистрНакопления.Взаиморасчеты.ОстаткиИОбороты(, , , , Подразделение = &Подразделение) КАК ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты
ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.Взаиморасчеты КАК Взаиморасчеты
ПО ВзаиморасчетыОстаткиИОбороты.Сотрудник = Взаиморасчеты.Сотрудник
ГДЕ
Взаиморасчеты.ВидДвижения = ЗНАЧЕНИЕ(ВидДвиженияНакопления.Приход)
И Взаиморасчеты.Период МЕЖДУ &НачалоПериода И &КонецПериода
И Взаиморасчеты.Подразделение = &Подразделение