С 2011 г. налоговым агентам необходимо учитывать 3 суммы налога по каждому физическому лицу:
сумма налога исчисленная - сколько налога было начислено к удержанию из доходов физического лица;
сумма налога удержанная - сколько налога было фактически удержано при выплате дохода физическому лицу;
сумма налога перечисленная - сколько налога было фактически перечислено в бюджетную систему.
Как это работает:
Исчисляется (начисляется) налог документами начисления заработной платы + разовые начисления (отпуска, больничные листы, командировки и тп.)
Отвечает за учет рег. накопления "Расчеты налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ", при исчислении делается приход.
Удерживается налог при выплате ЗП, там же перечисляется (если установлена галочка "Налог перечислен вместе с зарплатой")
При удержании делается расход по регистру "Расчеты налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ" и приход по "Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ" и сразу расход по нему (если установлена галочка "Налог перечислен вместе с зарплатой")
А если не установлена галочка "Налог перечислен вместе с зарплатой"? то налог распределяется пропорционально документом "Перечисление НДФЛ в бюджет" - делать его лучше прямо из выплаты по гиперссылке внизу. В данном случае расход по регистру "Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ" делает уже этот документ в размере распределенных сумм.
Все эти суммы можно увидеть с помощью отчета "Регистр налогового учета по НДФЛ"