Для учета качества в карточке номенклатуры есть одноименный реквизит "Качество". Если выявлен не качественный товар, то необходимо создать новую карточку номенклатуры (можно в название просто добавить слова типа Брак и т.п.) и указать,что у данной номенклатуры качество = Не годен. Думаю, что при приемке просто можно указать расхождение, что пришла "одна строка" качественного товара, а вторая некачественного и после этого вернуть его поставщику.