1) Нужно ли контролировать проблему копеек в расходной накладной, при расчете себестоимости?
Не бывает никакой проблемы копеек. Если какая проблема и бывает, то это - проблема неправильного кода. И конечно же, в БУ код тоже надо писать правильно.
2) Почему нужно использовать для аналитики счет Прибыли и убытки, а не Покупатели например, по нему же мы тоже сможем получить информацию о продажах?
Возможно, в методичках есть официальный ответ, но я выскажу своё мнение. Продажи - прибыли - доходы минус расходы. Доходы / расходы получаются из стоимости закупленных и стоимости реализованных товаров, потому и аналитику лучше делать на этом счете.
На счете Покупатели могут понадобиться разрезы собственно по покупателям, договорам, документам. Наверное еще есть что-то. С типовой БП поработаете - такая структура будет выглядеть естественной.
3) На счете, для подсчета продаж нужно 2 субконто (Номенклатура, инвентарный номер) или будет достаточно только инвентарного номера?
Вообще говоря, если какой-то разрез часто используется, например, в отчетах, то, если есть возможность, предпочтительно его использовать в качестве субконто, а не получать каждый раз в запросе. На мой взгляд, для отчетов номенклатура важнее ном номера, потому логично номенклатуру использовать в качестве субконто.