Tommy, Список ошибок:
1. Нет сторно в документ НачислениеЗарплаты. Т.к. сказано, что "Следует учесть, что данные о командировке могут вводиться в систему задним числом.", значит надо еще при проведении документа вводить данные о сторно (поможет метод ПолучитьДополнение()).
2. Для плана видов расчета ДопНачисления лучше установить зависимость от базы "по периоду регистрации", т.к. премия начисляется в том же расчетном периоде.
3. Командировка вообще не считается, попробуйте введите еще 1 документ за март с видом расчета Командировка.
4. Процедуру расчета начислений следует выносить в общий модуль(быстродействие и удобство перерасчетов, ну и просто рекомендуется)
5. Не правильно соединяются данные графика для расчета Оклада с РС ШкалыОкладов, не учли если не будет верхней границы, т.е. отработано часов >100 и нет верхней границы например. (в соединение нужно добавить что-то типа ОсновнойДанныеГрафика.ЗначениеФактическийПериодДействия < ШкалаОкладов.Макс ИЛИ ШкалаОкладов.Макс = 0)
6. В условии Если МассивОсновных.Найти(ПланыВидовРасчета.ОсновныеНачисления.Командировка) Тогда забыли <> Неопределено, следовательно не считается командировка
7. В диаграмме Ганта перед построением не очищаете ее. нужно использовать Диаграмма.Очистить()