Думаю, что можно реализовать эту задачу, сделав отдельную обработку или команду для расчета стоимости списания за заданный пользователем период. При этом проверку корректности указания периода для расчета возложить на самого пользователя. Один из инструментов проверки корректности расчетов - отсутствие отрицательных остатков в отчете. А так, предполагается, что только сам пользователь может знать, по какой период уже введены все поступления.
Логика здесь следующая:
1) Если допускается списание без контроля остатков, значит, расходная накладная сама рассчитывать себестоимость не может.
3) Приходная накладная тоже не может корректно рассчитать себестоимость. Потому что она "не знает", будет ли после нее еще какая-нибудь другая приходная, также предшествующая по дате расходной накладной, но с более ранним сроком годности или с более дорогим товаром, чем текущая приходная с меньшей датой. А перепроверять в каждой следующей приходной, что там "навводила" предыдущая и исправлять - это непрозрачный (а значит, не очень надежный и сложный в поддержке, если смотреть шире) и неэффективный подход. Представьте, что подряд идут 100 приходных, а после них одна расходная. Получается, что 99 первых зря проделают свою работу.
Отсюда вывод, что корректно рассчитать стоимость списания можно только после ввода ВСЕХ приходных накладных, предшествующих расходным, для которых рассчитывается эта стоимость. Очевидно, что автоматически определить, все ли такие приходные уже введены, нельзя. Это может сделать только пользователь, который и должен запустить в нужный момент соответствующую обработку.
Про запрет ввода документов прихода задних числом, думаю, что это все-таки некорректно сформулированное условие, просто скопированное из других задач.
Скорее всего, достаточно будет одного складского регистра. Процедура расчета себестоимости будет выбирать все расходные накладные за заданный период и переформировывать их движения в данном регистре в порядке возрастания момента времени расходных. Насчет последовательностей, вроде бы П.Белоусов говорил, что сейчас их использование на экзамене не требуется.