суммы НДФЛ к перечислению хранятся в регистре НДФЛ Расчеты налоговых агентов по НДФЛ с видом движения - Приход, перечисленный ндфл - с видом движения Расход,
и тут Вы должны расскзаать о галочке - НДФЛ перечислен с зарплатой, в ведомости. в случае полного перечисления ндфл - тогда все суммы удержанного ндфл попадут в регистр Расчеты налоговых агентов с бюджетом по НДФЛ в видом движения - Расход, Если не полностью - то галочку вы не ставите и указываете документ Перечисление НДФЛ в бюджет - уплаченная сумма распределится пропорционально по сотрудникам
Отчет по которому можно проконтролировать уплату ндфл в бюджет - Анализ ндфл по месяцам - подробно по сотрудникам,