Провела несколько экспериментов. Если получать остатки товаров с видом субконто контрагенты, то результат будет пустой. Если в запрос передать один вид субконто и попытаться получить субконто1 и субконто2, то запрос вылетит с ошибкой. Если передать массив одинаковых видов субконто и такой вид субконто есть на счете, то субконто1 и субконто2 будут одинаковые.
В общем, прочитала еще, что порядок элементов в передаваемом массиве видов субконто влияет на то, какое субконто будет субконто1, а какое субконто2. А так как порядок субконто на счете можно менять в пользовательском режиме, то это, наверное, основная причина, почему используется отбор по видам субконто в данном случае.