Если в виде расчета Командировка Сверх Норм поставить галку Доход в натуральной форме, (так как данное начисление не будет выплачиваться сотруднику деньгами), начисление будет учтено для целей налогообложения и попадет в соответствующий раздел отчетов по заработной плате. Но бухгалтерские проводки по такому начислению не формируются, однако формируются проводки по НДФЛ и страховым взносам, если данное начисление ими облагается. То есть можно обойтись без Операции вручную (сторно)