User67, Тут несколько регистров нужно. Первый КонтрольЗакупокПоЗаказам - изм. Заказ, Номенклатура, ресурс - Количество. Документ заказ делает приход, Приходная - расход. Причем Приходная распределяет поступивший товар по заказам, по данным остатка этого же регистра. Для выполнения условия, что необходимо учитывать что товар мог быть уже отгружен из свободного остатка, при проведении расходной в этом регистре нужно тоже уменьшать количество заказа, если отгружаем из свободного остатка.
Второй стандартный ОстаткиНоменклатуры. Приходная делает делает движения по заказм и с пустым заказом, формируя свободный остаток. Расхоодной отгружаем товар. В этом же регистре считается себестоимость.
На счет третьего КонтрольОтгрузокПоЗаказам не уверен, надо подумать. Просто нужно еще где то хранить, что когда отгрузили из свободного остатка, то отгрузили именно по этому заказу (в отчете), там же можно контролировать, что бы не отгрузили больше чем в заказе.