Если налог с физического лица удержан излишне, то в текущем расчетном периоде по физическому лицу исчисляется отрицательная сумма НДФЛ. Излишне удержанный НДФЛ отражается как задолженность за организацией, но сумму к выплате сотруднику не увеличивает. По умолчанию излишне удержанная сумма НДФЛ учитывается при расчете налога в следующих месяцах налогового периода (уменьшает сумму удержанного НДФЛ), но может быть возвращена сотруднику по его заявлению. Необходимо создать любой документ: мат.помощь,отпуск,командировку,вычеты, соотв-но,чтоб было все выплачено,а потом отменить и при начислении з/п будет НДФЛ с минусом.
Т.к. по всем сотрудникам начислено 10 000 НДФЛ, а по Иванову - 1 000, то в бюджет необходимо перечислить 9 000 НДФЛ.