Перечитала еще раз много всего. Новая версия ответа.
Меняем необходимые настройки, которые привели к ошибке (например, если подразделение или должность перестали быть льготными, то меняем это, либо если был выбран неверный тариф в организации, либо в настройке начисления была ошибка), потом заполняем документ "перерасчет страховых взносов" и сдаем уточненный расчет.
Документ "операция учета взносов" тут не подходит, т.к. он применяется, когда с налоговой базой всё в порядке, а сами взносы по какой-то причине "сели" неправильно.
Если была выявлена ошибка, которая привела к завышению налоговой базы, то можно было бы ждать следующего "начисления зп и взносов", в котором перерасчет был бы произведен автоматически, но тк по условию задачи, у нас занижение базы, то этот вариант не подходит.