Вчера выправлял подобную ситуацию у клиента.
Вот ответ с партнерса:
По всей вероятности у Вас в документе "Приобретение товаров и услуг" на закладке "Дополнительно" указано направление деятельности. При этом расходы, указанные в таком документе, отражаются так же с указанием направления деятельности и распределяются только на товары, обособленные под такое же направление деятельности. Что бы товары были обособлены под направление деятельности для них нужно заполнить колонку "Назначение".
В документе для товаров вероятно не заполнено назначение, поэтому на такие товары не распределяются доп. расходы, отраженные с указанием направления деятельности.
Для исправления этой ситуации можно выбрать один из следующих способов:
1) для товаров указывать назначение. В назначении выбирать элемент с наименованием, соответствующим указанному в документе направлению деятельности. При этом расходы, отраженные с указанием направления деятельности, будут нормально распределены на товары, обособленные под направление деятельности.
Но при этом варианте такие товары нужно будет продавать так же с указанием такого же направления деятельности.
2) дополнительные расходы по товарам отражать с помощью документа "Приобретение услуг и прочих активов". В этом документе направление деятельности указывается в строках табличной части и его нужно оставлять пустым, что бы расходы распределились на не обособленные товары.